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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出广泛性的动物吸附性，还有抗肺部肿瘤和抗病力毒效果。大部分，三萜是顺利通过甲羟戊酸行业获得的，并从具有绿植的和细菌中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文献了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论钻研文献。该理论钻研表明三萜类有机物野生虫草酸（GA）是借助溶液培養的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物转换成引起了的。顺利通过转录组和氨基酸质组学水平应用进这一步打磨无柄虫草菌丝体中DHT引起了2种虫草酸（GA）的机理，并要根据多个学水平应用查重到的异同dna和异同氨基酸，预测DHT 动物合成视频 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和系统定义

在对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体实现转录组测序共能够67230个转录本和1429七个单什么是人类什么是基因。在等单什么是人类什么是基因中，498个被亲子鉴定为差别抒发什么是人类什么是基因（DEGs），另外213个抒发上浮，279个抒发上涨（图1A）。GO含有具体具体分析后，DEGs可分为生物体的时候中（BP）、组织有效成分（CC）和团伙功能模块（MF）3类。在BP品目中，导致了前三子品目：抗生素类拆解分泌的时候中，冰醋酸盐分泌的时候中和甲酸盐分泌的时候中 ;而在CC品目中，组织外区、突触pp体、突触格局是前三亚类。相对MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性、硫化复原酶抗逆性和酸氨（或酰胺）接连酶抗逆性是前三亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道具体具体分析中，前30条含有度是最高的的通道中含27条都是分泌，另外二氧化氮分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌警报通道重要含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能表划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

可以使用对无柄虫草念珠菌菌丝体实施核脂肪酸组学讲解，共分判别了16,457种显著肽、2606种核脂肪酸和2588种定量剖析核脂肪酸。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择前提下，在2606种核脂肪酸中，94种被鉴别为相互影响抒发核氨基酸（DEPs），之中52种调涨，42种下跌（图2A），图2C表示了相互影响抒发核氨基酸的聚类算法讲解热图。从GO讲解来谈，BP类目表示，基本上都数DEPs使用醋酸钠盐分解排泄转化转化步骤、抗生素类降解分解排泄转化转化步骤和肿瘤药物降解分解排泄转化转化步骤。CC类DEPs在组织外区、过被金属防氧化物酶体和微体中增长率至高，被防氧化恢复酶灵微生态学和甲酸脱氢酶（NAD）灵微生态学在MF类中DEPs的百分比至高（图2B）。与转录组成果相拟，KEGG电磁波环路讲解表示，诸多DEPs在分解排泄转化转化中微生态学丰度，之中3条最微生态学丰度的路经是光合微生态学中的碳固定的、碳分解排泄转化转化和MAPK电磁波电磁波环路（图2D）。不仅，可以使用讲解GO数据显示库的CC对DEPs实施亚组织追踪定位讲解和标注（图2E），DEPs其一般分散在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs微生态学转化成的其一般的位置。

图2|营养物质质组的酶联免疫法定性分析和系统验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转为和相较比较组侯选DEGs和DEPs制做了维恩图，有20个差异性理解染色体（图3A）。对转录组和胆固醇质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs采取聚类分折法分折，察觉到mRNA和胆固醇质左右有17个上浮染色体和7个下跌染色体，DEGs和她的翻译英语的DEPs理解水平面呈正重要性，系统设计Pearson的重要性比率分折，在转录组和胆固醇质组左右探测到取决于较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试然而信息显示，E组和C组17个DEGs的表现出来情况对比分析强势，另外9个为调涨DEGs，3个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现出来未来趋势与转录成分析然而不一样。

图3|脂肪酸质组的参考值研究和特点核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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