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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化突显是一个种至关重要的当地翻译后突显,SUMO大分子依据在E1活性酶、E2运用酶和E3相连酶的参与者下共价运用又物核血清赖氨酸残基上,在控住绿色光合帮助期、菅养走势除极和胁迫反映中起着至关重要帮助。SUMO化核血清和SUMO突显整个的时候中有关酶的缺少总会导至绿色光合帮助期错误还牺牲,这证明SUMO化突显在调低绿色光合帮助期发肓整个的时候中起着管理的本质帮助。是因为目前为止在绿色蕨类苔藓常绿植被中被鉴别出的SUMO化核血清数较少,并SUMO 化在绿色蕨类苔藓常绿植被中的丰度较低且的动态较高,但是鉴别SUMO化核血清和 SUMO化位点是极为兼备终极主动性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教援(拜谱微生物相互合作科学研究家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以创建一个多种二步赖氨酸欠缺SUMO聚集最简单的方法,创建了新款的沉水植物SUMO化球蛋白组数据分析库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语翻译题型:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

英文版问题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

收录学术期刊:Nature Plants

后果指数:15.8

研发策略

图1研究探讨指导思想图

研究方案最终

01、拟南芥K0-SUMO1蛋清质类物质析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说作者进一大步依据系统优化的2步亲和含有的办法使用质谱浅析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化呈现核氨基酸组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化表达蛋白酶和位点的确认

想要证实风险的SUMO1淀粉酶,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并来了身体之外测试。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以核验SUMO化遮盖位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化蛋白质和位点的身体确认(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热启用蛋清质组的酶联免疫法相当

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT淀粉酶质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 应用场景TMT的定量分析球氨基酸组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱个人心得体会

本研究从高蛋白质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以打造的精准度更快的SUMO化蛋清纯化和质谱监测形式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热晕人淀粉酶按量特别表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化淡化淀粉酶质组有所作为我公司独特淡化新产品,按照高效、性价比最高的生物富集技能、尖部的Astral设备可实现目标SUMO化淀粉酶和位点的高产品质量量检测。此外,王鹏程学者充当拜谱学者团全体成员,在企业产品新产品开发的过程 中为我们公司供给的专业最好和访谈提纲,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

借鉴资料:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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